Shinichi Kudo là một học sinh trung học rất giỏi phá án nhờ vào óc quan sát và khả năng suy luận của cậu. Trong một lần điều tra một vụ án, cậu bị bọn tội phạm bắt được và bị cho uống một loại thuốc thử nghiệm. Bỏ mặc Shinichi nằm chết, bọn tội phạm biến mất. Tuy nhiên, cậu không chết mà cơ thể bị teo nhỏ lại thành một đứa trẻ. Cậu đóng giả thành một cậu bé có tên Conan Edogawa và sống nhờ tại nhà thám tử Mori (bố của Ran – bạn gái cậu), tiếp tục phá án theo cách của mình cho đến khi có thể tìm ra được phương thuốc chữa trị chứng bệnh teo nhỏ của mình.